La commission a pour but de contribuer à protéger le patrimoine spéléologique (les cavités naturelles et leur contenu) et karstique (les autres formes karstiques). La protection de certaines cavités artificielles peut être intégrée aux activités de la commission.
Son action s'étend à l'ensemble du territoire suisse. Cette organisation est pratiquement la seule à s'occuper explicitement de ce problème, elle a donc une responsabilité particulière.

Les objectifs de la Commission de protection des cavernes et du karst sont multiples :

• Avant tout, faire partager à tous les collègues spéléologues le goût de la caverne laissée intacte après leur passage. En ce sens, la Commission tient à jouer un rôle «éducatif» en fournissant aux membres de la SSS, mais aussi au cercle plus large de tous ceux qui désirent pénétrer dans les cavernes, un outil leur permettant d'apprendre à se comporter avec respect envers le milieu souterrain;
• En s'entourant de conseillers scientifiques, les membres de la Commission peuvent prendre une part active à certaines réalisations exerçant une contrainte sur un site, comme par exemple la fermeture temporaire de certaines cavités en hiver pour favoriser une hibernation optimale des chauves-souris;
• Exercer une action de motivation auprès des collègues spéléologues en suscitant l'organisation d'opérations ponctuelles de nettoyage de certaines cavités «surfréquentées»;
• La Commission veille au respect des principes émis dans le «code d'honneur» ratifié et publié par la SSS.

La commission est formée de 2 entités :

1. Le bureau de la commission dont le président (membre de la SSS proposé par le bureau de la commission et élu par l'AD), le secrétariat général (assumé par l'ISSKA sur une base professionnelle) et les responsables de chacun des groupes régionaux.
2. 13 groupes régionaux couvrant le territoire national.

Structure

Vu l'ampleur de la tâche, la commission du patrimoine spéléologique et karstique est soutenue professionnellement par le «secteur patrimoine» de l'ISSKA . La commission est formée de 4 entités : les membres des groupes régionaux couvrant le territoire suisse ; les responsables de chacun des groupes régionaux ; le président de la commission (membre de la SSS proposé par le bureau de la commission et élu par l'AD) ; le responsable patrimoine de l'ISSKA. Le bureau de la commission est formé des responsables des groupes régionaux, du président et du représentant de l'ISSKA. Le bureau de la commission est l'organe décisionnel. D'un côté il supervise et au besoin fait rectifier les orientations prises dans les activités des groupes régionaux. De l'autre côté, il supervise et fait rectifier les initiatives prises par le président de la commission et le responsable du secteur patrimoine de l'ISSKA. Ce dernier joue un rôle de secrétariat général, c'est-à-dire qu'il exécute le gros du travail administratif et la mise en application des décisions du bureau de la commission. Il soutient aussi directement les groupes régionaux, en particulier de façon à garantir que la qualité et la quantité du travail à effectuer puissent être assumées, p. ex. dans le cadre de mandats.