La commission a pour but de contribuer à protéger le patrimoine spéléologique (les cavités naturelles et leur contenu) et karstique (les autres formes karstiques). La protection de certaines cavités artificielles peut être intégrées aux activités de la commission. Son action s'étend à l'ensemble du territoire suisse. Cette organisation est pratiquement la seule à s'occuper explicitement de ce problème, elle a donc une responsabilité particulière.

Pour atteindre cet objectif, les tâches de la commission sont les suivantes :

1. Evaluation de la valeur et de la sensibilité respective des objets (en priorité les grottes, mais aussi les autres formes karstiques). Application du concept de géotope en définissant les sites retenus et leur argumentation ( article paru dans Stalactite 1/2001 ).
2. Evaluation des menaces ou des problèmes existants. Certains objets du patrimoine spéléologique et karstique sont menacés par diverses actions humaines passées, présentes ou futures. Il convient d'identifier ces menaces. Par exemple, l'utilisation de cavités comme dépotoirs représente une menace liée à des actions passées, parfois présentes. Le comblement quasi systématique des dolines est une menace présente. Les atteintes par des visites ne respectant pas le milieu naturel représentent aussi une menace. D'autres menaces existent (routes, autres constructions, .), elle feront au cas par cas l'objet d'une évaluation (prise de position, étude d'impact).
3. Action sur le terrain . Des dépollutions, nettoyage (salissures) et remise en état (dégradations diverses) sont organisées pour redonner aux sites karstiques un aspect aussi proche que possible de leur état naturel. La priorité des sites choisis dépend de leur valeur et de l'importance des menaces qui les concernent. La surveillance des sites devrait identifier les cas de récidives. Des mesures complémentaires (portes, grilles, filets, panneaux, etc.) pourraient être envisagées sur décision conjointe des groupes régionaux de la commission et des autorités.
4. Action de sensibilisation et d'information . Les autorités (fédérales, cantonales et communales) doivent être sensibilisées au problème spécifique des grottes et du karst car ce sont elles qui ont le pouvoir de les protéger. Le public en général et en particulier les agriculteurs, les éleveurs, les propriétaires d'alpages et de chalets, les forestiers et les organisateurs de visites de grottes doivent être sensibilisés. En effet ce sont eux qui, dans la majorité des cas, sont à la source des menaces qui pèsent sur le karst et les grottes (article paru dans l' Impartial du 24 février 2003 ).
5. Travaux en vue d'une définition claire des bases légales utilisables pour la protection des cavités naturelles et du karst . Si les lois fédérales sont claires, elles restent assez ouvertes, ce sont donc les lois cantonales, parfois des règlements communaux qui font foi. Certaines lois pourraient être complétées ou modifiées. Cette tâche implique un travail juridique, d'information et de lobbying.

Sur la base de ces lignes directrices, le document « Concept pour la gestion durable du patrimoine spéléologique et karstique suisse », tenu à jour par la commission, décrit de façon plus détaillée les principes et les actions entreprises.